(一)办公室。负责机关日常运转，承担全委性文稿起草、编发综合信息、政务公开、机要保密、督查考核、后勤服务等工作。
(二)人事处。贯彻落实人事人才政策;拟订全市卫生健康人才发展规划并指导实施;负责机关和所属单位的机构编制、人事管理和队伍建设等工作;负责卫生健康专业技术人员资格管理。
(三)组织干部处(中共重庆市卫生和健康行业社会组织综合委员会办公室、巡察办)。按照管理权限，负责所属单位领导班子建设工作;负责机关和所属单位及归口管理单位副处级以上干部、后备干部管理;负责所属单位及归口管理单位党的建设;承担中共重庆市卫生和健康行业社会组织综合委员会的日常工作;具体管理卫生和健康行业全市性社会组织(含脱钩和直接登记)的党建工作，承办审核社会组织会长(理事长)、副会长(副理事长)、秘书长等负责人人选事项。
(四)规划发展处。承担健康中国战略重庆实践协调推进工作，组织拟订全市卫生健康事业发展中长期规划，指导区县(自治县)卫生健康规划的编制和实施;统筹规划与协调全市卫生健康服务体系建设。
(五)信息化建设与统计管理处。拟订卫生健康信息化事业发展中长期规划，承担卫生健康系统的信息化建设，负责卫生健康行业统计调查制度建设和管理;开展卫生健康行业大数据智能化应用和产业发展。
(六)财务处(国外政府贷款办公室)。负责机关和所属单位预决算、财务、资产的监督管理;负责行业财务会计培训和指导;负责卫生贷款项目组织实施。
(七)政策研究室。开展卫生健康综合性政策调研;参与卫生健康综合性政策和标准拟订;负责系统内对外公开，期刊杂志管理;负责承担重要文稿起草。
(八)法规处。组织协调卫生健康地方性法规、规章、地方标准的起草工作;牵头推进卫生健康行业“放管服”改革和行政审批制度改革;负责牵头全市卫生健康领域法治政府建设;承担卫生健康依法行政的监督工作;承担机关规范性文件的合法合规性审查工作;承担有关行政复议、行政应诉等法律事务工作。指导规范执法行为。
(九)体制改革处。研究提出全市深化医药卫生体制改革的重大政策、措施的建议，督促落实重庆市医药卫生体制改革专项小组会议议定事项，承担重庆市医药卫生体制改革专项小组办公室的日常工作;承担组织推进全市公立医院综合改革工作。
(十)医政处。拟订医疗机构及医务人员、医疗技术应用、医疗质量和安全、医疗服务等行业管理政策规范、标准并监督实施工作;承担推进护理、康复事业发展工作;拟订公立医院运行监管、绩效评价和考核制度。
(十一)基层卫生健康处。承担综合管理基层卫生健康相关工作，拟订有关政策、地方标准和规范并组织实施;负责指导和开展基层卫生健康服务体系建设和乡村医生相关管理工作。
(十二)医疗应急处(重庆市卫生应急指挥中心)。承担组织协调传染病疫情应对工作，承担全市医疗卫生应急体系建设，组织指导各类突发公共事件的医疗救治和紧急医学救援工作；承担全市院前急救体系建设与管理工作；承担医疗卫生监督工作，承担医疗机构、采供血机构、医师执业、计划生育、母婴保健、中医医疗等医疗卫生执法职能；拟订采供血机构管理以及行风建设等行业管理政策、标准并组织实施。
(十三)科技教育处。拟订全市卫生健康科技发展规划及相关政策并组织实施;负责实验室生物安全的监督管理;组织开展住院医师、专科医师培训等毕业后医学教育和继续教育工作，协同指导医学院校教育。
(十四)药物政策与基本药物制度处。组织实施国家药物政策和基本药物制度;开展药品使用监测、临床综合评价和短缺药品预警;提出药品价格政策和国家基本药物目录内药品生产鼓励扶持政策的建议。
(十五)食品安全标准与监测评估处。组织拟订食品安全地方标准，牵头开展食品安全风险监测、评估和交流;组织拟订并实施全市营养健康监测与评估标准，负责全市营养健康管理工作。
(十六)老龄健康处。拟订全市医养结合的政策、地方标准和规范，建立和完善老年健康服务体系。
(十七)妇幼健康处。拟订妇幼卫生健康政策、地方标准和规范;推进妇幼健康服务体系建设;指导妇幼卫生、出生缺陷防治、婴幼儿早期发展、人类辅助生殖技术管理和生育技术服务工作。
(十八)职业健康处。组织实施国家职业卫生、放射卫生相关政策、标准;开展重点职业病监测、专项调查、职业健康风险评估和职业人群健康管理工作;协调开展职业病防治工作。
(十九)人口监测与家庭发展处。承担全市人口监测预警工作并提出人口与家庭发展相关政策建议;完善生育政策并组织实施;拟订计划生育特殊家庭扶助制度。
(二十)宣传统战处。负责全市卫生健康系统党的宣传、意识形态、精神文明建设工作;负责所属单位及归口管理单位统战工作;承担卫生健康新闻和信息发布工作。
(二十一)国际合作处(港澳台事务办公室)。组织指导全市卫生健康领域国际交流与合作、对外宣传、援外工作;开展与港澳台地区的交流与合作;承担机关和所属单位外事管理工作。
(二十二)保健处(重庆市干部保健委员会办公室)。承担重庆市干部保健委员会确定的保健对象及有关单位医疗照顾对象的医疗保健工作;负责市级单位有关干部和高层次人才的医疗管理服务工作;负责中央领导和重要外宾来渝期间以及在全市召开的重要会议和重大活动的医疗卫生保障工作;承担重庆市干部保健委员会办公室的日常工作。
(二十三)爱国卫生处(重庆市爱国卫生运动委员会办公室)。组织开展爱国卫生运动和各类卫生及健康创建活动;组织实施全市城乡病媒生物防治工作。根据《烟草控制框架公约》做好相关工作。
(二十四)中医综合处。负责拟订全市中医发展规划、科技教育专项规划、综合性工作计划和政策措施;负责中医科技创新体制建设，组织实施中医科技项目评审验收及成果推广;组织对传统中医药理论、医术、秘方、验方的整理、总结和推广;负责中医药人才培训、毕业后教育、继续教育、师承教育。
(二十五)中医医政处。拟订中医机构的设置规划;负责中医医疗机构、人员、技术、中医广告的监督管理;负责中医医疗护理质量管理，组织协调医疗事故的技术鉴定、医疗纠纷的处理;负责联系中医工作和中医机构药事监管工作;负责协调中医医疗服务体系建设。
(二十六)中药事业发展处。主要承担全市中药事业发展工作综合协调，协同有关部门加强中药行业的管理及业务指导；组织开展全市中药资源普查，促进中药资源的保护、开发和合理利用；参与制定全市中药产业发展规划、产业政策。
(二十七)健康促进处。拟订全市公众健康教育、健康促进目标、规划、政策和规范，组织开展健康教育、健康促进活动;承担卫生健康系统科学普及工作;承担健康扶贫工程相关工作。承担推进心理健康和精神卫生事业发展工作，拟订重大疾病、慢性病防控管理政策规范并监督实施。
(二十八)审计处。拟订全市卫生健康系统内部审计工作规定和制度;指导和监督系统内部审计工作;组织实施所属单位领导干部经济责任审计;负责对重大项目进行内部审计;指导所属单位开展专项审计工作。
(二十九)信访保卫处。负责办理群众来信来访;负责公开电话、网上投诉、卫生健康热线等工作;指导、协调有关部门处置卫生健康系统突发安全稳定事件。负责卫生健康机构安全监督管理。
机关党委。设置机关党委办公室，负责机关和所属单位的党群工作。
离退休人员工作处。负责机关离退休人员管理工作，指导所属单位离退休人员管理工作。
